Kỳ Viên Trung Nghĩa nguyên là miếu thờ thần, xây dựng từ năm 1802-1852. Triều Nguyễn đổi tên là Trung Nghĩa Miếu. Năm 1948-1950 đức bà Từ Cung và một số hào lão phường Vạn Thạnh, vận động hiến cúng cho Giáo hội Phật giáo tỉnh Khánh Hòa. Vị trú trì đầu tiên là HT. Thích Thiện Minh, đặt tên Khuôn hội Kỳ Viên. Kế thừa là HT. Thích Từ Mãn, HT. Thích Chí Tín, ĐĐ. Thích Viên Mãn. Năm 1990 Thầy trụ trì Thích Trí Viên và Ban Hộ tự cùng Phật tử phát tâm đại trùng tu chánh điện và nhà Tổ⁽¹⁾.

Vào những thập niên 60 thế kỷ XX, cổng Tam quan còn đóng bằng cửa gỗ, có một cây Bồ-đề thật to trước Chánh điện, rồi đến Đoàn quán và đến bức tường cao cùng một nhà bếp đơn sơ. Bây giờ, cảnh khác xưa vô cùng, chùa đã được trùng tu Chánh điện và những công trình phụ và Thầy trụ trì đã đổi tên chùa là Kỳ Viên Trung Nghĩa. Tháng 2/1992 khánh thành, năm 1995 xây dựng giảng đường, nhà Tăng⁽²⁾.

Đây là nơi hòa đồng thờ phượng giữa Chùa và Miếu, ký gởi tro tàn hài cốt của chúng sinh. Chính giữa Đại điện là nơi thờ Phật uy nghiêm cao rộng. Sau hậu điện là nơi thờ Tổ và các vị công thần nhà Nguyễn. Cánh tả là ảnh của Đức bà Từ Cung mặc phẩm phục, bên dưới là hình vua Bảo Đại trong bộ hoàng bào uy nghi, cuối cùng là một vài hình ảnh của các vị Tôn Thất nhà Nguyễn và danh sách 250 vị công thần nhà Nguyễn. Cánh hữu là Ngài Địa Tạng, được tôn trí chính giữa và phía sau là các hương linh nam nữ ký tự.

Hôm nay, đường lên chùa đã được xây đá bằng phẳng hơn xưa, khách thập phương có thể ung dung lên chùa thưởng ngoạn. Có một điều lý thú là sau khi leo lên gần 2/3 bậc cấp, du khách sẽ gặp một cảnh bất ngờ: đó là một con khỉ để lộ đầu ra khỏi vách đá. Du khách thường dừng chân ngồi nghỉ và nhớ đến câu chuyện Đường Tăng trên đường thỉnh kinh đã cứu Tề Thiên ra khỏi núi đá, để cùng đi Tây Phương. Như một phép mầu, sau khi ngồi nghỉ chân khách lại vui vẻ cất bước leo lên từng bậc cấp cuối cùng mà không biết mệt. Thật là sinh động cho khách thập phương thưởng ngoạn và quên mệt, khi tiếp tục bước lên bậc cấp.

Lên khỏi những bậc cấp, bước vào cổng Tam quan là một cảnh chùa hoành tráng, uy nghi. Nay không còn cây Bồ-đề cũ nữa. Bên phải tượng Bồ-tát Di Lặc lúc nào cũng mỉm cười, nhìn chúng sinh như hài lòng khi thấy Phật tử đến chùa ngày một đông. Bên trái, tượng ngài Văn Thù Sư Lợi gương mặt sáng ngời, tay cầm gươm trí tuệ đoạn tận phiền não. Trước chánh điện rộng, có thể tổ chức những buổi lễ quan trọng của Phật giáo.

Bức tường bên phải đã che khuất cây đa to, ngày xưa chỉ là bức tường thấp, nay được xây thành nơi đặt các hủ tro hài cốt ký gởi, phía cuối khuôn viên chùa cũng là nơi ký gửi tro hài cốt.

Trên một đỉnh núi tuy không cao lắm, nhưng cũng đủ tầm ngắm trời biển và cả thành phố Nha Trang thơ mộng. Mùa đông cũng như mùa hè, hằng đêm tiếng tụng kinh, chuông, mõ nơi Chánh điện như ban phát ân tình.

Thầy trụ trì xây dựng thêm một Hội trường lớn, để Phật tử về thọ Bát quan trai và Đoàn cựu Huynh trưởng Tâm Thị, GĐPT Kỳ Viên sinh hoạt hàng tuần. Phật tử có nơi tu và việc học Phật pháp do Thầy trụ trì trực tiếp hướng dẫn. Đó là những đặc điểm mà chúng ta thường thấy được khi viếng chùa..

Nhân dịp kỷ niệm 15 năm, Thầy trụ trì Khánh tạ tất cả những công trình mà Thầy và Phật tử đã trùng tu tôn tạo. Cầu xin hồng ân Tam Bảo gia hộ quý Thầy, sức khỏe miên trường, quý Phật tử tinh chuyên tu học, tinh tấn niệm Phật, thân tâm an lạc.